設定済みのアプリケーションのしきい値はインスタンスにも同様に適用されますか?

設定済みのアプリケーションのしきい値はインスタンスにも同様に適用されますか?

いいえ。パフォーマンスメトリクスのしきい値はアプリケーションとインスタンスでそれぞれ別々に設定する必要があります。